代谢组学

【代谢组学】1.代谢组学简介

【代谢组学】1.代谢组学简介

目录基本概念代谢组学分类与应用代谢组学研究意义与优势代谢组学分析流程代谢组学常见名词 代谢物:所有分子量小于1500Da的小分子物质,包括糖类、核苷、有机酸、酮类化合物、多肽、氨基酸、有机胺类、醛类化合物、脂质、萜类、类固醇、生物碱…
【代谢组学】2.代谢物鉴定

【代谢组学】2.代谢物鉴定

目录代谢物的鉴定流程从谱图到峰表 代谢物的鉴定流程 蛋白组比基因组和转录组落后一档次,代谢组学比蛋白组又落后一档次,仅化合物的鉴定就让人头疼。 流程如下: 化合物精确质量数 数据库检索 一级鉴定(筛选分子量相同的离子)。解决质量数问…
【代谢组学】3.数据分析

【代谢组学】3.数据分析

目录非靶向代谢组实验设计数据分析流程1.数据预处理2.数据质控3.统计分析 非靶向代谢组实验设计 1.代谢物提取,一般要求每组至少10个样; 2.在所有提取好的样本中取等量混合作为QC; 3.QC样本与实验样本穿插上机,开始十个QC…
【代谢组学】4.生物标志物分析

【代谢组学】4.生物标志物分析

目录概念类型效果评价多变量ROC分析验证分析工具 生物标志物,即传说中的biomarker,是一类可测量的,用来表征疾病状态的物质,通常用于表征: 疾病的状态(是否为某种疾病/某种亚型); 药物敏感性,用于用药指导; 生理状态监测。…
【代谢组学】5.功能分析

【代谢组学】5.功能分析

目录目的富集分析方法ORA富集FCS富集工具 和转录组或蛋白组的分析原理类似,目的是: 将大量的差异代谢物降维到少量的显著富集的代谢通路,方便解释科学问题; 从通路水平上可以更好解释表型背后的生物学原理/过程。 富集分析方法 富集分…
代谢组学实验、质控与分析

代谢组学实验、质控与分析

目录1.实验及质控(1)项目流程(2)非靶代谢质控(3)靶向代谢质控(4)代谢组全流程质控2.数据分析挖掘(1)代谢组分类回顾(2)数据预处理(3)定量层面挖掘(4)功能层面挖掘 1.实验及质控 (1)项目流程 代谢组学分析的特点:…
Metabolomics Workfolw

Metabolomics Workfolw

推荐R语言界的国内大佬于淼写的代谢组学workflow,包含了大部分代谢组学(以及暴露组)的数据分析方法。 Meta-Workflow 主要内容包括: Sample collection Pretreatment Principle…