蛋白质组学

浅谈几种常用的蛋白互作实验研究方法!

浅谈几种常用的蛋白互作实验研究方法!

随着分子生物学研究方法的发展,很多的研究领域都越来越多的分析到了蛋白层面,下面我们就简单介绍几种常用的蛋白互作研究方法: 酵母双杂交: 酵母双杂交由Fields在1989年提出,它的产生是基于对真核细胞转录因子特别是酵母转录因子GA…
蛋白质组分析软件MaxQuant

蛋白质组分析软件MaxQuant

高通量测序这几年比较热门,蛋白质组学也慢慢火起来了。 那么分析蛋白质组的数据的软件,那个值得推荐呢? 我查询了不少资料,发现不少蛋白质组分析软件都偏向于收费,而且很多都是windows上运行。在众多软件中,我比较推荐MaxQuant…
定量蛋白质组分析的R软件包proteus

定量蛋白质组分析的R软件包proteus

蛋白质组数据采用maxquant 进行鉴定和定量分析之后,还需要进行蛋白的差异表达分析。目前大部分的分析软件都是在windows 上进行分析,不方便自动化。 为了方便进行自动化的分析,可以采用一个R包proteus来完成。该软件包的…
蛋白质三维结构美化pyMOL软件

蛋白质三维结构美化pyMOL软件

以二级结构标记颜色 点击图1中右上角的C,就可以对图像进行颜色的改变了。从下图可以知道,结构的颜色可以根据element,chain,SS等进行改变。Element的意思是对不同的原子进行分别着色;chain就是对不同的链进行不同的…
CDS预测之同源比对

CDS预测之同源比对

在基因组研究逐渐成熟步入商业化后,转录组、蛋白组以及代谢组在科研领域的使用也有了大幅度的增加。在转录组中,一些公司的报告式样式中必有一项为CDS预测,但是各个公司使用的方法各有不同。CDS预测除了自个研究需要外,一个比较重要的用处是…
blast2go本地化教程

blast2go本地化教程

Blast2go本地化教程网上也有不少,但是都是13年之前的,由于最近有这个需求,我也重新收集了下资料,然后整理了下: 主要参考: http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation…
Significance A and B for protein ratios

Significance A and B for protein ratios

实验设计中,一般会做三个生物学重复来确保结果的准确性,尤其在下游分析中。但有时会遇到没有生物学重复,而又需要进行差异分析的情况,这时一般建议考虑foldchange即可,因为根本无法进行T-test等统计学方法嘛。但是如果必须要算一…
Differential expression in proteomics

Differential expression in proteomics

在之前一篇博文Bioinformatics for Proteomics Data 中提到,蛋白组学生物信息分析一般要经过图谱识别和定量两个步骤,其中定量这步对于后续的差异表达蛋白的筛选又至关重要,尤其现在蛋白质谱技术在一些生物标记…
Bioinformatics for Proteomics Data

Bioinformatics for Proteomics Data

这里并不是全面地介绍如何对蛋白质组学进行分析,而是利用这篇文献Perseus: A Bioinformatics Platform for Integrative Analysis of Proteomics Data in Can…