蛋白质组学

DIA/SWATH蛋白定量技术

      SWATH(Sequential Windowed Acquisition of all Theoretical fragment ions)采集模式是一种新型的MS/MS扫描技术,由瑞士苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold博士及其团队与AB-SCIEX公司联合推出。它将扫描范围划分为以25 Dalton为间隔的一系列区间,通过超高速扫描来获得扫描范围内全部离子的所有碎片信息,是MS/MS-ALL技术的扩展。以蛋白质组学样品分析中常见的扫描范围400~1200为例,每25Dalton作为一个扫描间隔(SWATH),每个SWATH扫描时间设定为100ms,那么该扫描范围累计需要32个SWATH(1200-400/25=32),完成一次扫描仅需要3.2秒。

应用领域:

      适用于多样本的蛋白质组学非标定量比较,差异蛋白发现。

技术优点:

      相比于DDA的方法,定量重现性和准确性更高;
      适于高通量的蛋白质定量,能同时定量超过3000蛋白;

样品要求:

      蛋白提取物: > 2 mg
      细胞样品:> 107
      组织样品:动物组织 > 100 mg;植物组织 > 100 mg
      体液:血清、血浆 > 500 μl;尿液 > 25 ml;唾液、脑脊液 > 5 ml

数据分析包括:

      蛋白数据搜库鉴定
      数据质量把控
      全蛋白GO,KEGG Pathway 富集分析
      差异蛋白统计分析
      差异蛋白GO,KEGG Pathway富集分析
      差异蛋白热图(Heat-map)分析
      PPI(蛋白-蛋白相互作用)分析

实验周期:3-4周

下单流程:

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