蛋白质组学

Phospho磷酸化蛋白组

蛋白质磷酸化作为研究最为广泛、功能最为复杂的翻译后修饰,一直以来都是学界研究的热点。蛋白质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程,几乎调节着包括细胞的增殖、发育、分化、细胞骨架调控、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩、新陈代谢及肿瘤发生等生命活动的所有过程。

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蛋白质磷酸化是蛋白质激酶(PK)催化ATP与底物蛋白上丝氨酸(S)/苏氨酸(T)/酪氨酸(Y)残基侧链发生取代反应,将磷酸根转移到上述氨基酸残基上从而引起蛋白质结构和功能改变的过程。

蛋白质磷酸化主要发生在两种氨基酸上,一种是S和T另一种是Y。S和T磷酸化的主要作用是变构蛋白质以激活蛋白质的活力,主要是指酶活力。Y磷酸化除了在变构以及激活该蛋白的活力之外,更重要的功能是结合蛋白提供一个结构基因,以促进其和其他蛋白质相互作用而形成多蛋白复合体。蛋白复合体的形成再进一步促进蛋白质的磷酸化。周而复始,由最初蛋白质磷酸化所产生的信号就一步步如此转下去。

目前大于90%的蛋白质磷酸化组由丝氨酸磷酸化(pS)和苏氨酸磷酸化(pT)组成,三种氨基酸的磷酸化在同一个细胞中相对丰度比例为pS:pT:pY= 1800:200:1,大约占84%、15% and <1%。尽管pY所占比例最少,但酪氨酸激酶受体(RTKs)在人类疾病中的异常调控,使其研究一直处于pS和pT前面。

蛋白质发生磷酸化修饰后,其分子质量会发生相应的改变,通过质谱能够精确测定蛋白质或多肽的分子质量。另一方面,通常情况下发生翻译后修饰的蛋白质在样本中含量低且动态范围广,因而在质谱检测前需要对发生修饰的蛋白或肽段进行富集。

二氧化钛富集法是目前使用最为广泛的金属氧化物富集磷酸肽的方法。二氧化钛(TiO2)带正电荷,与肽段样品中具有磷酸化修饰肽片段上带负电荷的磷酸基团特异性结合。清洗缓冲液去除非磷酸化肽段后,用碱性洗脱液将结合于TiO2上的磷酸化肽洗脱下来从而达到特异性富集磷酸化肽段的目的。之后,利用液相色谱-串联质谱对肽段的磷酸化位点进行鉴定。

 

1.基于非标Lablefree定量策略磷酸化修饰蛋白质组学:

Labelfree非标记定量蛋白质组学-定量原理

2.基于iTRAQ/TMT标记定量策略磷酸化修饰蛋白质组学:

标记定量蛋白质组学定量原理:iTRAQ标记定量TMT标记定量

1.产品描述:大规模磷酸化修饰蛋白质组学-对客户提供的不同组别的样本进行磷酸化修饰蛋白质组学分析,鉴定获得所有样本的磷酸化修饰位点/肽段/蛋白信息,定量筛选不同组别样本之间显著性差异表达的磷酸化修饰位点,并对相关磷酸化修饰蛋白进行生物信息学分析。

2.样品要求:
2.1. 常规人、动物组织(比如肝脏、肾脏、脑组织等):≥200mg;
2.2. 软体动物:≥200mg;
2.3. 动物坚韧组织(软骨、毛发等):≥1g;
2.4. 植物叶片等鲜嫩组织:湿重≥2g;
2.5. 植物富含杂质或蛋白含量低的样本,如植物根,根茎、木质部、韧皮部组织等:干重≥5g;
2.6. 植物花粉:≥200mg;
2.7. 藻类组织:≥2g;
2.8. 细胞样本数目须达到:107(建议使用本公司的裂解液进行裂解之后再进行寄送);
2.9. 微生物菌类:≥100µL纯菌体;
2.10. 体液类(唾液、羊水、脑脊液等)5 mL以上,不能溶血;血清200 μl以上;尿液20 mL以上。
2.11. 其他特殊样本如有疑问请联系我们。

3.质谱信息:Orbitrap Fusion(Thermo Scientific),Orbitrap Elite(Thermo Scientific)

4.测试周期:20个工作日(非标记定量)、30个工作日(标记定量)

5.报告信息:测试报告、修饰位点/肽段/蛋白质鉴定列表(电子版)、显著性分析列表(电子版)、生物信息学报告、原始质谱测试文件

6:生信分析:
6.1. 质谱数据质量分析
6.2. 显著性差异统计分析
6.3. GeneOntology注释和富集分析
6.4. KEGG注释和富集分析
6.5. 蛋白质互做网络PPI分析
6.6. 蛋白PTM修饰分析

Design of guanidyl-functionalized magnetic covalent organic framework for highly selective capture of endogenous phosphopeptides
Luo B Yu L He J Li Z Lan F et. al.
Journal of Chromatography B,2020 pp: 122080

PAMAM-PMAA brushes-functionalized magnetic composite nanospheres: A smart nanoprobe with tunable selectivity for effective enrichment of mono-, multi-, or global phosphopeptides.
Yu L, Luo B, Li Z, et al.
Journal of Materials Chemistry B, 2020.

Boronic acid-functionalized magnetic metal–organic frameworks via dual ligand strategy for highly efficient enrichment of phosphopeptides and glycopeptides.
Luo, B., Chen, Q., He, J., Li, Z., Yu, L., Lan, F., & Wu, Y.
ACS Sustainable Chemistry & Engineering,2019

PAMA–Arg brush-functionalized magnetic composite nanospheres for highly effective enrichment of phosphorylated biomolecules.
Luo, B., Zhou, X., Jiang, P., Yi, Q., Lan, F., & Wu, Y.
Journal of Materials Chemistry B, 2018, 6(23): 3969-3978.

Multi-affinity sites of magnetic guanidyl-functionalized metal–organic framework nanospheres for efficient enrichment of global phosphopeptides.
Luo, B., Yang, M., Jiang, P., Lan, F., & Wu, Y.
Nanoscale, 2018, 10(18): 8391-8396.

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