蛋白质组学

质谱数据质量分析

基于质谱平台进行蛋白质组测序已经成为主流,随着质谱仪器的进步和发展,实验产出质谱数据的精度和通量也日益提高。海量的质谱数据通常会被送入数据库搜索引擎进行谱图鉴定,之后,通常选取打分值最高的肽段谱图匹配(peptide spectrum matches,PSM)作为最佳匹配,而有研究指出肽段谱图匹配中仅有20%~40%为可信匹配。因此从所有PSM中分离出真正正确的鉴定结果显得尤为重要。我们从以下几个方面对鉴定到的蛋白组数据进行质量评估:1. 二级质谱匹配误差分布(MSMS-ppm)、2. 质谱鉴定MSMS、肽段已经蛋白质等数目统计分析(Mass_info)、3. 肽段长度分布(Peptide-length)、4. 蛋白质分子量分布(Protein-MW)、5.蛋白质鉴定覆盖率分布(Protein-Coverage)、6. 蛋白质特异肽段-肽段匹配分布(UniquePeptide)

MSMS-ppm
Mass_info
Peptide-length
Portein-MW
Protein-Coverage
UniquePeptide

(0)

热评文章

发表评论