蛋白质组学

13个蛋白质互作、蛋白质网络数据库网址

聚焦蛋白质互作研究进展与实验方法

1.3DID(3D interacting domains)

网址:http://3did.irbbarcelona.org

http://gatealoy.pcb.ub.es/3did/

简介:搜集3D结构已知的蛋白质的互作信息,可通过结构域名称、基序名称、蛋白质序列、GO编码、PDB ID、Pfam编码进行检索。

2.DOMINE

网址:http://domine.utdallas.edu

简介:结构域互作数据库。

3.PiSite(Database of Protein interaction sites)

网址:http://pisite.hgc.jp

简介:以PDB为基础,在蛋白质序列中搜寻互作位点。

4.Binding MOAD

网址:http://www.BindingMOAD.org

简介:致力于提供蛋白质-配体晶体结构数据信息。提供结构已知的蛋白质的相关配体,并附有详细注释,同时提供由实验而得的亲和力数据。

5.Phospho.ELM

网址:http://phospho.elm.eu.org

简介:蛋白质磷酸化位点数据库

6.SuperSite

网址:http://bioinformatics.charite.de/supersite

简介:蛋白质中代谢物、药物结合位点数据库,提供结合机制、识别机制、保守结合位点等信息。

7.STITCH

网址:http://stitch.embl.de/

简介:蛋白质-化合物作用网数据库

8.Reactome

网址:http://www.reactome.org

简介:人体生命活动路径与过程数据库,提供生化过程网络图,并对参与其中的蛋白质分子 有详细注解,与其他数据库如UniPort、KEGG、OMIM等建立了广泛的交叉应用。

9.PID(Pathway Interaction Database)

网址:http://pid.nci.nih.gov

简介:由NCI和Nature 共同创立,提供已知的人体细胞信号转导、调节活动及主要细胞生命过的蛋白质路径网,可通过输入某个分子名或代谢过程名称进行查询。

10.UniHI(Unified Human Interactome database)

网址:http://www.unihi.org

简介:人体蛋白-蛋白相互作用数据库,可根据蛋白质名称、代谢路径等进行查询。

11.VirHostNet

网址:http://pbildb1.univ-lyon1.fr/virhostnet/index.php

简介:病毒-宿主分子互作网数据库,提供病毒-宿主蛋白质互作信息及这些蛋白质的相关注释。可通过输入基因、蛋白质、路径等关键词进行查询。

12.Bionemo(molecular information on biodegradation metabolism)

网址:http://bionemo.bioinfo.cnio.es

简介:搜集与生物降解代谢相关的蛋白质、基因数据,包括蛋白质序列、结构域、结构;基因序列、调控元件、转录 单元等信息。除此之外还包括生物降解的代谢路径图、相关生化反应等。

13.PMAP

网址:http://www.proteolysis.org

简介:蛋白质水解路径数据库

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