蛋白质组学

蛋白质序列分析和结构预测

 

【实验目的】
1、掌握蛋白质序列检索的操作方法;
2、熟悉蛋白质基本性质分析;
3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测,了解基于motif、 结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测;
4、了解蛋白质结构预测。
【实验内容】
1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素 (adiponectin)蛋白质序列;
2、使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子 质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析;
3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI /Blast软件的蛋白质同源性分析;
4、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析;
5、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。
【实验方法】
1、人脂联素蛋白质序列的检索:
(1)调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez);
(2)在Search后的选择栏中选择protein;
(3)在输入栏输入homo sapiens adiponectin;
(4)点击go后显示序列接受号及序列名称;
(5)点击序列接受号NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1

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