蛋白质组学

常用蛋白质分析软件介绍(上)

随着各项基础技术的日益革新,针对蛋白质方面的研究也日趋增多。蛋白质的各项分析成为研究者的必需工作。目前蛋白质分析相关的软件层出不穷,算法各不相同,精确度也是参差不齐。
蛋白质的分析一般包括分子量、等电点、氨基酸组成、跨膜域、信号肽、疏水性和结构功能域等方面。接下来,将从这几个方面给小伙伴们介绍一些常用的蛋白质分析软件。
一、 分子量和等电点
蛋白的分子量和等电点分析既可以通过本地软件(例如DNAMAN,BioEdit等),也可以通过在线工具来实现。这边给大家介绍常用的在线工具ExPASy的ProtParam tool( )。

ProtParam这个工具可以计算分子量、理论等电点、氨基酸的组成、消光系数、原子组成、估计半衰期、稳定指数等等。需要注意的是,如果序列有修饰过的氨基酸残基,则不计算在内。
 
二、 信号肽
信号肽一般由有20-40个氨基酸组成,并且具有一些特点:N端有1-3正电荷氨基酸;中间是一段中性按就算组成的疏水区;而C端则有一个信号肽酶识别的位点。常用的在线软件有SignalP()。

SignalP预测氨基酸序列中是否存在信号肽剪切位点,并标记出来(如上图中1-20就是信号肽)。原核生物和真核生物都可以进行预测,预测的是分泌型信号肽。
 
三、 跨膜域
含有跨膜域的蛋白质可能是定位于膜的蛋白或者离子通道蛋白,也可能是作为膜受体而起作用。常用的在线软件是TMHMM()。

TMHMM会将测到跨膜区以红色标出,并且预测出具体的位置,比如上图出现的跨膜区就是
243-265。
 
四、 疏水性
ExPASy的ProtScale工具( )可以预测给定氨基酸序列的疏水性,可以允许用户计算蛋白质的50余种不同属性,并为每一种氨基酸输出相应的分值。当然疏水性也可以通过本地软件(例如DNAMAN,BioEdit等)进行分析,只是基于算法的不同,可能会有微小的差别。

 
 
除了基于一级结构的理化性质分析以外,蛋白质的三维结构也是经常需要做的分析,更多蛋白质的结构预测中常用的软件,敬请期待下篇报道!

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