蛋白质组学

SWATH定量

SWATH是一种全新的质谱全景式扫描模式,与传统的shot-gun技术相比,SWATH采集模式能够将扫描区间内所有的肽段母离子经过超高速扫描并进行二级碎裂,从而获得完整的肽段信息。应用 SWATH 采集模式,一次实验即可获得完整的定量与定性结果,无需进行方法优化。它可以采集样品中所有化合物的信息,可以对所有化合物进行追溯、查询和分析。SWATH模式克服了shot-gun

  扫描随机性的问题,因而数据重复性更好。

 

  SWATH依靠4个杆间电场的变化来选择离子。第一个四级杆Q1选择一定质荷比的离子,第二个四级杆Q2作为碰撞室,诱导碎片化反应,而后在质量飞行器TOF中扫描碎片离子。这种方法能有效去除大量干燥离子,因此具有准确度高等优点。SWATH数据中包含了所有碎片离子的保留时间和强度信息。用非常小的质量偏差窗口目标性的抽提同一肽段的多个子离子,计算离子强度,就能对肽段进行定量。

 

  SWATH尤其适合富集纯化后的样品,比如IP后进行SWATH定量来检测与目标蛋白互作的蛋白。

 

 

蛋白质

SWATH技术示意图

 

  实验流程

 

蛋白质

 

 

  技术特点

  灵敏度高,继承了MRM的数据采集模式,结合高分辨率的Triple-TOF5600 Plus 质谱系统,具有与MRM相当的灵敏度。

  重复性好,重复样品的相关性可达0.99以上。

  线性动态范围广,定量范围可跨越4个数量级。

  高通量,一次定量检测2000种以上蛋白质。

 

  应用领域及范围

  疾病标志物筛选、作用机制研究、植物抗逆研究、药物作用靶点研究、特殊功能蛋白质筛选、物种蛋白质草图构建。

 

  样品要求

 

蛋白质

 

  注:尿液样品需提供5mL以上的量。

  真菌孢子类样品,送样量加倍。

  血清、血浆、脑脊液等样品需去除高峰度蛋白。

  植物花瓣、根、茎、果皮、果肉,以及动物含脂肪的组织送样量加倍。

  蛋白缓冲液中不能含有SDS、NP40、Triton、X-100各类去污剂。

 

  项目周期

 

蛋白质

 

 

 

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