蛋白质组学

目标蛋白分析

1. 背景和意义
    目标蛋白分析基于多反应监测(MRM,Multiple reaction monitoring)技术,对与特殊功能相关的关键蛋白进行相对与绝对定量。
MRM技术作为一种高特异性、高灵敏度的质谱数据获取方式,在进行蛋白质组学等具针对性的研究中发挥着重要作用。

2. 适用范围:
   低丰度蛋白质发现、翻译后修饰蛋白质鉴定、生物标志物的验证以及家族蛋白和同源蛋白差异的检测。

3.分析内容
1. 确定目标蛋白质(候选生物标志物)
2. 对候选生物标志物进行MRM定量检测,得到质谱数据


图1. MRM产出峰图(对54个transition使用MRM定量检测)


图2. 三种蛋白质在156个病人尿液样本中的定量结果
 

3. 定量质谱数据分析
i.数据统计分析,对单个生物标志物进行评估选择最优;
ii. 预测生物标志物的transition状态


图3. 主成份分析法对生物标志物进行归类
 

参考文献

[1] Chen, Y.-T., Chen, H.-W., Domanski, D., Smith, D. S., Liang, K.-H., Wu, C.-C., Chen, C.-L., et al. (2012). Multiplexed quantification of 63 proteins in human urine by multiple reaction monitoring-based mass spectrometry for discovery of potential bladder cancer biomarkers. Journal of proteomics, 75(12), 3529–45.
[2] Domanski, D., Cohen, G. V, Sojo, L., Kuzyk, M. A., Ratkay, L., Parker, C. E., Goldberg, Y. P., et al. (2011). The use of multiplexed MRM for the discovery of biomarkers to differentiate iron-deficiency anemia from anemia of inflammation . Journal of Proteomics, 75(12), 3514–3528.
[3] Whiteaker J R, Lin C, Kennedy J, et al. A targeted proteomics-based pipeline for verification of biomarkers in plasma[J]. Nature biotechnology, 2011, 29(7): 625-634.

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