蛋白质组学

蛋白质组学 | 生物样本收集的这些小知识您都get到了吗? (上)

组织和生物体液是用于检测疾病和决定患者治疗的重要信息来源。


通过研究正常或疾病组织或者生物体液样本的蛋白质组特征,可以详细描述和量化与疾病状态相关的、定义的或导致疾病发生的蛋白质差异,以阐明病理生物学、改进疾病分类或确定新的治疗靶点[1,2]。


如何合理准确地收集这些样本对于后续的检测实验来讲,显得尤为重要。本次小编为你倾情献上它们的合理收集方式,为您的样本保驾护航。

 



1.组织篇


样品制备在蛋白质组研究中起着重要作用,被认为是组织分析中最重要的步骤之一。


 


组织收样步骤


1. 首先准备好用于包装样本的铝箔或冷冻保存管,并且用油性记号笔在铝箔或冻存管外表多处写明样本编号;


2. 每个样本的取材部位要尽量一致,准确切除所需组织后,剔除无关的干扰组织(血管、脂肪、结缔组织等);


3. 迅速用预冷的生理盐水或预冷无酶水配制的1*PBS洗涤样本,去除残留血液和污染物;


4. 用无尘吸水纸快速吸干表面的液体,用灭菌的组织剪或手术刀将组织切成100mg左右小块;


5. 液氮速冻5min,保存于-80℃;


 


组织样本量要求:200mg /样本

 


2.体液篇


体液样本类型有:血浆和血清、尿液、脑脊液、耳屎、鼻分泌物、唾液、泪液、乳汁、支气管肺泡液、乳头吸液、羊水、胆汁、宫颈阴道液和精浆等[4]。体液样本类型较多,本篇重点介绍最常见的前四种体液样本收集方法,更多的需求可向小篇索要文献进行详细研究。


 


①血浆收样步骤


1. 建议使用紫色EDTA抗凝管采集血液;


2. 轻轻地上下颠倒混匀 8-10 次,立即将全血置于4℃或冰盒中正立放置;


3. 4℃,≤1300g(1200g或者1000g)离心10 min,取上清(血样需要在在1小时内进行血浆分离,依据抗凝管操作说明或者客户实验室血浆分离步骤进行操作);


4. 用移液器将上清(血浆)转移到离心管中分装,【如果样本量体积较大,建议分装保存(每管分装200~300ul)】,可加入蛋白酶抑制剂(非必须);


5. 液氮速冻5min,保存于-80℃。



血清样本量要求:200ul/样本


 


②血清收样步骤


1. 使用真空采血管收集血液;


2. 轻轻地上下颠倒混匀5-6 次;


3. 4℃,静置30~60min,让全血凝集;


4. 4℃,≤1300g(1200g或者1000g)离心10min,立即取上清;


5. 用移液器将上层淡黄色血清转移到离心管中(如果样本量体积较大, 建议分装保存(每管分装200~300ul)),可加入蛋白酶抑制剂(非必须);


6. 液氮速冻5min,保存于-80℃。



血清样本量要求:200ul/样本




③尿液收样步骤


1. 收集中段晨尿;


2. 5,000g,4℃离心30min,去除细胞及碎片;


3. 用移液器取上清转移至进口的离子管,转移至-80℃的冰箱冻存。


尿液样本量要求:15ml/sample




 


④脑脊液收样步骤


1. 2000×g 离心5 min,(或使用0.22μm 滤膜过滤),取上清;


2. 液氮速冻5 min,保存于-80℃。


脑脊液样本量要求:2ml/sample



友情提示:以上样本量需求仅针对的是常规蛋白组学实验,如:TMT、Label Free ,DIA等,若需要做修饰蛋白组学,则需要增加3~10倍不等的用量。


百趣生物已检测样本类型
 


参考文献:


[1] Dapic Irena,Baljeu-Neuman Lucia,Uwugiaren Naomi et al. Proteome analysis of tissues by mass spectrometry.[J]. Mass Spectrom Rev, 2019, 38: 403-441.


[2] Gillette Michael A,Carr Steven A,Quantitative analysis of peptides and proteins in biomedicine by targeted mass spectrometry.[J].Nat Methods, 2013, 10: 28-34.


[3] Shabihkhani Maryam,Lucey Gregory M,Wei Bowen et al. The procurement, storage, and quality assurance of frozen blood and tissue biospecimens in pathology, biorepository, and biobank settings.[J].Clin Biochem, 2014, 47: 258-66.


[4] Lygirou Vasiliki ,Makridakis Manousos, Vlahou Antonia, Biological sample collection for clinical proteomics: existing SOPs.[J].Methods Mol Biol, 2015, 1243: 3-27.

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