2021年07月 的所有文章

CDS预测之同源比对

CDS预测之同源比对

在基因组研究逐渐成熟步入商业化后,转录组、蛋白组以及代谢组在科研领域的使用也有了大幅度的增加。在转录组中,一些公司的报告式样式中必有一项为CDS预测,但是各个公司使用的方法各有不同。CDS预测除了自个研究需要外,一个比较重要的用处是…
blast2go本地化教程

blast2go本地化教程

Blast2go本地化教程网上也有不少,但是都是13年之前的,由于最近有这个需求,我也重新收集了下资料,然后整理了下: 主要参考: http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation…
Significance A and B for protein ratios

Significance A and B for protein ratios

实验设计中,一般会做三个生物学重复来确保结果的准确性,尤其在下游分析中。但有时会遇到没有生物学重复,而又需要进行差异分析的情况,这时一般建议考虑foldchange即可,因为根本无法进行T-test等统计学方法嘛。但是如果必须要算一…
Differential expression in proteomics

Differential expression in proteomics

在之前一篇博文Bioinformatics for Proteomics Data 中提到,蛋白组学生物信息分析一般要经过图谱识别和定量两个步骤,其中定量这步对于后续的差异表达蛋白的筛选又至关重要,尤其现在蛋白质谱技术在一些生物标记…
Bioinformatics for Proteomics Data

Bioinformatics for Proteomics Data

这里并不是全面地介绍如何对蛋白质组学进行分析,而是利用这篇文献Perseus: A Bioinformatics Platform for Integrative Analysis of Proteomics Data in Can…
初识Uniprot API

初识Uniprot API

Uniprot,全名Universal Protein,其整合了Swissprot、TrEMBL和PRI-PSD三大数据库,是目前使用非常广泛的蛋白质数据库 常规物种的蛋白质组学研究一般会使用Uniprot数据库的蛋白序列作为查库序…
Bioconductor的质谱蛋白组学数据分析

Bioconductor的质谱蛋白组学数据分析

这篇跟之前的一篇博文Bioconductor的DNA甲基化芯片分析流程一样,主要简单的记录下如何基于bioconductor的R包对蛋白组质谱数据进行分析。在看到这篇biocondutor官网文档Mass spectrometry …
一个R包的故事

一个R包的故事

本来应该这是一个很正常的学习过程,之前总结了一篇博文Bioconductor的质谱蛋白组学数据分析,对蛋白组学定量那块比较感兴趣,正好看到一个R包-MSstats,其可用来对DDA,SRM和DIA的结果进行蛋白差异分析,这R包发表于…
浅谈蛋白组的差异蛋白分析

浅谈蛋白组的差异蛋白分析

浅谈蛋白组的差异蛋白分析        蛋白质组学在现在众多组学中属于起步较晚的组学之一,一般跟代谢组并列提起,因为都是通过质谱仪进行检测(虽然代谢组不一定要用质谱)。我们通过质谱下机数据,然后经过软件进行图谱分析(查库),然后获得…
常用蛋白质分析软件介绍(上)

常用蛋白质分析软件介绍(上)

随着各项基础技术的日益革新,针对蛋白质方面的研究也日趋增多。蛋白质的各项分析成为研究者的必需工作。目前蛋白质分析相关的软件层出不穷,算法各不相同,精确度也是参差不齐。 蛋白质的分析一般包括分子量、等电点、氨基酸组成、跨膜域、信号肽、…