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如何知道circRNA是否可以翻译蛋白?

如何知道circRNA是否可以翻译蛋白?

考虑感兴趣的circRNA是否能翻译蛋白,可先以ORF Finder分析序列基础,预测是否有合适的ORF。有一个跨越junction的ORF是最理想的,序列内部不跨越junction的ORF可能和mRNA一样,没办法特异研究circ…
怎么做circRNA过表达实验?

怎么做circRNA过表达实验?

CircRNA的形成和线性RNA不同,因此对circRNA的过表达不能直接将序列连接到常规的真核表达载体(如pcDNA3.1)来进行。已明确的circRNA形成依赖于侧翼序列中的反向互补序列(RCMs,如Alu元件)或与能调控cir…
如何提取和逆转录circRNA?

如何提取和逆转录circRNA?

常用细胞组织等样品提取total RNA,其中包含mRNA、lncRNA、miRNA和circRNA等所有的RNA种类,暂没有方法直接提取circRNA。但可以对total RNA进行RNase R消化处理,以使circRNA得到富…
PCR扩增不出是引物有问题吗?

PCR扩增不出是引物有问题吗?

基本不是。当今发展出各色各样的PCR扩增技术,各色各样的高温聚合酶,就是来解决PCR扩增中遇到的扩不出,扩增效率低的问题。如槽式PCR就是扩增那些拷贝数很低的基因片段。 有些重复片段的扩增, GC含量高的片段,非要采用特殊扩增手段才…
为什么目的条带大小同理论预期分子量有偏差?

为什么目的条带大小同理论预期分子量有偏差?

当条带所示的实际大小同理论有偏差时,可能由以下一些原因导致:蛋白发生如磷酸化、糖基化等翻译后修饰时条带会上移,蛋白发生剪切(如前体)时条带会下移,蛋白存在不同的可变剪切体或亚型,强相互作用大分子存在时变性不彻底。此外,WB实验中使用…
多抗做WB检测为何有杂带?

多抗做WB检测为何有杂带?

1. 从纯化方式来看:采用ProteinA/G纯化的多抗掺杂有动物本身产生的对其自身抗原产生的抗体,这些抗体在检测中会识别样本中的蛋白而出现杂带,可采用抗原亲和纯化避免杂带的产生。2. 从蛋白修饰来看:天然蛋白存在复杂的翻译后修饰。…
物种没有测序,能否做蛋白质组学分析?

物种没有测序,能否做蛋白质组学分析?

由于当前大量的物种已经测序,预测了相应的基因,未测序的物种可以通过近缘物种的基因序列作为数据库进行蛋白质组的研究。因此,一般来说,未测序物种可以考虑近缘物种的基因组序列作为数据库,可以做蛋白质组。
DIA与label free有哪些优缺点?

DIA与label free有哪些优缺点?

两者都可用于差异较大的样本(不同物种、不同组织部位),“有无”蛋白比较,不需要同位素标记,成本相对低;样本不受限制,应用范围广。label free确定是数据重复性稍差,缺失值较多。DIA非标定量蛋白质组学的重现性较高,所有离子信息…