多组学整合分析

RNA-seq 和ChIP-seq数据关联分析

RNA-seq 和ChIP-seq数据关联分析

1. 背景: 

         ChIP-Seq 的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术( ChIP )特异性地富集目的蛋白A结合的 DNA 片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的 DNA 片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息。另外,通过对A基因过表达或敲除/干扰后,进行RNA-seq,寻找A基因影响的下游基因,通过ChIP-seq和RNA-seq的整合,进一步分析A调控的基因和及其结合位点,并通过real time PCR和双荧光素酶系统等实验进行验证。

2. 目的:
筛选目的蛋白调控的靶基因及结合位点。

3. 实验步骤
(1) 野生型和A基因干扰后两组细胞的RNA-seq,每组三个样,测序数据量6G/sample;
(2) A蛋白的ChIP-seq(需要有A蛋白ChIP级别的抗体),三个重复,测序数据量 10M reads /sample,DNA样品总量:≥50ng,DNA样品浓度: ≥10ng/μL;
(3) ChIP-seq Peak 区域分析;
(4) RNA-seq差异表达基因分析;
(5) 高级分析及整合分析;
(6) 实验验证。

4. 实验思路:

 

  
5. 参考文献
(1)Laurent A, Calabrese M, Warnatz HJ, et al. ChIP-Seq and RNA-Seq Analyses Identify Components of the Wnt and Fgf Signaling Pathways as Prep1 Target Genes in Mouse Embryonic Stem Cells [J]. PLos One, 2015.
(2)Jones CJ, Newsom D, Kelly B, et al. ChIP-Seq and RNA-Seq reveal an AmrZ-mediated mechanism for cyclic di-GMP synthesis and biofilm development by Pseudomonas aeruginosa[J]. PLoS Pathog, 2014, 10(3).
(3)Zhang X, Jin J Y, Wu J, et al. RNA-Seq and ChIP-Seq reveal SQSTM1/p62 as a key mediator of JunB suppression of NF-κB-dependent Inflammation[J]. Journal of Investigative Dermatology, 2014.

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