多组学整合分析

宏基因组学和宏转录组学整合分析

宏基因组学+宏转录组学研究

1. 介绍

        宏基因组测序是以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象,不需对微生物进行分离培养,而是提取环境微生物总DNA进行研究。采用新一代高通量测序技术对环境微生物样品的DNA直接测序。研究微生物群体的物种分类、群落结构、系统进化、基因功能以及物种间的代谢网络等。
        宏转录组测序可原位研究特定生境特定时空下微生物群落中活跃菌种的组成以及活性基因的表达情况。结合理化因素的检测,宏转录组可研究多样本间由于理化等指标的差异,时空上不同微生物群落间活跃成分组成的差异分析。结合宏基因组测序,宏转录组测序可研究活跃菌种以及高表达基因的组成情况,揭示特定环境因子影响下菌种的适应性以及基因表达可能的相应机制。

2. 技术路线及方法:

 

3. 部分类似结果展示
a. 多个样本中的表达结构:

 

Fig1. 5个样本的宏转录组的表达结构
 
b. SEED subsytem注释比较分析

 

Fig2. 宏转录组与宏基因组样本在不同的SEED subsysterm注释中的物种结构
 
3. GH家族的注释比较分析

 

Fig3. 宏转录组与宏基因组样本在不同的GH注释中的物种结构
4. 宏转录组显著差异功能分析

 

Fig4. 两种状态下的宏转录组样本的显著差异功能分布火山图
5. 关键通路的分析

 

FIG5. 宏转录在关键通路中检测到有差异表达的基因的分布比较

4. 送样要求:
宏转录组测序:RNA浓度>150ng/μl,总量>2.5μg,浓度以质检结果为准,建议送2次建库的量,即5μg。260/280在1.8-2.0之间;260/230在1.8-2.0之间。
宏基因组测序:DNA:单次建库送样要求:浓度>100ng/μl,总量>2.5μg,浓度以质检结果为准,建议送2次建库的量,即5μg。260/280在1.8-2.0之间;260/230在1.8-2.0之间。

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