多组学整合分析

RNA-seq 和甲基化测序整合分析

RNA-seq 和甲基化测序整合分析

1. 背景介绍:

         基因组DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰方式,是调控细胞分化发育过程中基因表达的主要机制之一,它并不改变基因序列,但是可以遗传给后代,容易受外界环境的影响而发生改变,在胚胎发育、干细胞分化、癌症发生等方面发挥着重要的作用。结合RNA-seq和甲基化测序可以进一步了解基因表达量与DNA甲基化之间的相关性,从转录调控着手深入分析疾病的发病机理。

2. 分析流程:

 

 
3. 项目服务细则:

(1) 样本收集:
RNA-seq:实验组vs.对照组(每组三个样)
甲基化测序:实验组vs.对照组(每组三个样)
RNA样品总量: ≥3μg,RNA样品浓度: ≥100 ng/μL,纯度OD260/280≥2.0;完整性RIN≥8.0;
DNA总量≥2μg1,DNA浓度≥50 ng/μL,纯度OD260/280在1.8-2.0之间
(2)Total RNA提取,DNA抽提;
(3)建库并上机测序,转录组测序每个样本平均数据量6G;甲基化测序每个样本平均数据量12G;
(4)数据分析;
(5)周期:8 -10周。

4. 预期结果(部分结果展示) 
(1)甲基化位点的分布

(2)差异甲基化区域(DMR)的分布

(3) DMR分布circos图

 
  

(4)与DMR有交集的promoter下游基因的功能分析

 
(5)针对DMR区域的转录因子基序富集分析

(6)DNA甲基化谱-基因表达谱关联分析
a. 关联的差异基因DMR分布

#DMR Hypomethylation Hypermethylation
UP-DEG 1850 1989
DOWN-DEG 2042 2883

 
b.功能分析
与DMR关联的显著差异表达基因KEGG代谢通路富集分析结果

c. 转录调控网络分析

 

    转录调控网络(图中菱形为转录因子,红色点为上调差异基因,绿色为下调差异基因,红色线代表转录因子与该靶基因的结合位点与高甲基化的DMR有交集,绿色线代表该转录因子与靶基因的结合位点与低甲基化的DMR有交集)

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