多组学整合分析

lncRNA、mRNA和circRNA测序及整合分析

lncRNA、mRNA和circRNA测序及整合分析

1. 背景:
        环状RNA(Circular RNA, circRNA)是区别于传统线性RNA 的一类新型RNA 分子,广泛存在于人和动植物中,是一类新的隐秘未知但功能异常强大的RNA 分子。作为一类新型的RNA 分子,circRNA 具有闭合环状结构,大量存在于真核转录组中。大部分的circRNA 是由外显子序列构成,在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。由于circRNA 对核酸酶不敏感,因此比线性RNA 分子更为稳定,使得环状RNA 在作为新型临床诊断标记物的开发应用上具有明显优势。
近期研究显示,环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的作用,称之为竞争性內源RNA(ceRNA),能竞争性结合miRNA,从而调控靶基因的表达。因此,通过环状RNA测序,获得差异表达的circRNA,分析miRNA结合位点,挖掘circRNA与竞争性结合疾病相关的miRNA在疾病调控中的作用机制。
        针对 circRNA 高通量测序数据分析,可采用去除去除 rRNA手段建库测序,因此整个测序不仅可以分析circRNA,同时也可进行蛋白编码基因(mRNA)以及长链非编码 RNA (lnc RNA)分析 。
 
2. 分析流程:

 

3. 项目服务细则:
(1)样本收集,实验组vs.对照组(每组三个样)
RNA样品总量: ≥3μg
RNA样品浓度: ≥100 ng/μL
(2)Total RNA提取;
(3)去除rRNA; 
(4)建库并上机测序(整个测序不仅可以分析 circRNA,同时也可分析蛋白编码基因( mRNA)以及长链非编码 RNA (lncRNA));
(5)数据分析,每组12G数据量;
(6)周期:8 -10周。
4. 预期结果(部分结果展示) 
(1)circRNA 表达谱研究
l circRNA鉴定

 

l circRNA注释
 

 

l 差异circRNA火山图

 

 

l 差异表达聚类分析

 

 
l 差异circRNA-hosting基因富集分析

 
         差异circRNA-hosting基因GO富集分析(左)和KEGG富集分析(右)

 

KEGG富集分析差异circRNA-hosting基因上下调统计

 

l circRNA起源分析

 

l circRNA-miRNA互作网络分析

   
图中红色代表miRNA,绿色代表circRNA,蓝色代表mRNA

2)protein coding 基因差异表达分析(图表同上)
l 差异基因表达分析
l 差异基因表达水平火山图
l 差异基因聚类分析
l 差异基因GO和KEGG富集分析
l SNP和Indel分析
l 可变剪切分析
 
3)lncRNA表达谱研究(图表同上)
l lncRNA筛选
l 不同样本lncRNA基因组可视化结果

 

l 差异lncRNA表达分析
l 差异lncRNA表达水平火山图
l 差异lncRNA聚类分析

4整合分析

l lncRNA、mRNA表达量比较

 

l lncRNA、mRNA长度比较

 

l lncRNA、mRNA ORF分布

 

l lncRNA靶基因分析

l 特异lncRNA与mRNA网络互作分析

 

 
5. 验证实验
qPCR验证显著差异circRNA、lncRNA和mRNA的表达量。
 

(0)

关键词:

热评文章

发表评论