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与RNA互作的蛋白或核酸研究

RNA 不仅是基因和蛋白的桥梁(mRNA),而且是细胞器的组成成分(18s rRNA 等)及基因表达调控的重要因子(miRNA、lncRNA、circRNA),以 RNA 为中心的分子互作研究也是生物有机体生命活动(如器官发育分化、疾病发生等)规律阐释的重点内容。提供的以 RNA 为中心的分子互作研究技术,包括筛选型的 ChIRP-MS/ChIRP-Seq 和 RNA pull-down_MS,及验证型的 ChIRP-WB/ ChIRP-QPCR 和 RNA pull-down_WB 等。

1 .ChIRP-MS/ChIRP-Seq
简介:在特定时间点用甲醛交联等方式固定细胞内 RNA 与蛋白及核酸的互作复合物,再利用生物素标记的探针及链霉亲和素磁珠纯化出与 RNA 互作的蛋白及核酸的复合物,分离产物中的蛋白和核酸分别做质谱鉴定和高通量测序,即可筛选出与 RNA 互作的蛋白和核酸。

应用:筛选与目的 RNA 互作的蛋白、DNA 或 RNA

ChIRP-MS/ChIRP-Seq

优势:
1.高效、通量大,一次性筛选出可能与目的 RNA 互作的蛋白或核酸;
2.反义探针直接调取内源目的 RNA 及其复合物,所得结果更接近生理情况。

2. RNA pull-down_MS
简介:体外转录目的 RNA 的一部分或全长,用生物素标记转录产物,再与链霉亲和素磁珠孵育使之固定在磁珠上,用以“pull down”互作蛋白,纯化的产物蛋白经质谱鉴定,即可筛选到与目的 RNA 可能互作的蛋白。

RNA pull-down_MS

应用:筛选与目的RNA互作的蛋白。

优势:
1.体外直接转录目的 RNA 作为诱饵,避免了 RNA 互补探针导致的非特异性结果;
2.高效、通量大,一次性获得可能与目的 RNA 互作的蛋白。

3. ChIRP-WB/ChIRP-QPCR
ChIRP-WB 用于 ChIRP-MS 筛选到的 RNA 互作蛋白验证,而 ChIRP-QPCR 用于 ChIRP-Seq筛选到的 RNA 互作核酸验证。

4. RNA pull-down_WB
RNA pull down-WB 用于 RNA pull down-MS 筛选到的 RNA 互作蛋白验证。

 

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